学科建设办公室是上海中医药大学和上海市中医药研究院学科建设、研究机构（研究所、研究中心、重点实验室）的管理机构，是学校和研究院对外所有学科建设、研究机构相关事宜的全权代表，学校和研究院下属各二级机构、研究中心、院、所、附属医院必须接受学科建设办公室对学科建设、研究机构的管理。具体职能：

一、机构基本管理职能

1．负责起草或制定学校有关学科建设、研究机构的规划，落实学校有关学科建设、研究机构计划的推进和督促各所属单位完成学校的学科建设、研究机构计划。

2．负责起草和制定学校有关学科建设、研究机构的相关规章制度，及时根据国家或各有关部门的要求调整或修订学校的有关规章制度。

3．落实学校相关的规章制度的执行，并按照规章制度进行全面的管理。

二、重点学科、研究机构的申报和建立

4．结合学校的发展规划，全面负责学校和研究院重点学科、研究机构的申报和建立。

1）组织学校和研究院的重点学科申报。

2）根据学校的规划，组织学校各个学科申报各级重点学科进行申报准备。

3）在申请各级重点学科时，根据学校有关规定和程序，进行校内的各种研究力量和资源的整合，以学校的名义进行申报。学校各所属研究机构或单位，必须按照学科建设办公室的统一部署，开展重点学科的申报。

4）申报各级重点学科时若需校内进行协调和平衡，学科建设办公室按照有关规定，在学校党政领导下，负责进行协调，形成学校的整体优势避免学校校内的互相的竞争。

5）各类各级重点学科申报时涉及到申报额度限制时，学科建设办公室按照有关规定和公开、公平、公正的原则，组织进行校内遴选，确定申报主体。

5．根据学校发展规划和整体部署，整合学校研究资源积极申报各级各类研究机构（重点实验室、研究室），并按照一定的程序组织专家进行评审，确定校内基金立象项项目。

6．根据学校学科建设的规划，以及研究机构建设或建立的标准，受理有关二级部门研究机构（研究所、研究中心）的建立或建设，并按照一定的程序组织专家进行论证。

7．根据学校学科建设的规划，以及学校科学研究发展的需要，组建或建立研究中心或研究机构。

三、重点学科、研究机构的管理

8．根据各级各类项目立项部门的要求和学校有关规定，对学校和研究院所有重点学科、研究机构进行过程管理。学校学科建设办公室通过各二级部门的分管学科建设的领导、学科研究机构管理人员进行管理，并通过有关计划、绩效考核要求，落实学科、研究机构过程管理的各项措施。

1）学科建设办公室根据有关要求制定各类学科、研究机构的过程管理计划，按时进行各阶段的进展检查和各类项目进展报告的准备、上报。

2）按照学校的有关学科建设、研究机构管理规定，进行相应年度检查和质量评估。

3）根据各个重点学科、研究机构的建设情况，以及年度检查情况按照有关规定，对重点学科、研究机构建设情况好、建设质量高的学科结合绩效奖励规定，向学校或有关二级部门提出考核建议；对没有按时完成建设和建设不符合要求，将根据有关规定对学科负责人、研究机构负责人或研究团队制定相关措施，以保证项目按时完成和按质完成。

4）学科建设办公室依靠校内外专家，对所有列入各级建设计划的重点学科、研究机构进行检查，包括科学研究、人才对建设、基地建设、经费使用合理性进行检查，确保研究项目的研究质量、数据的真实和结果的可靠。

5）学科建设办公室根据有关管理规定，督促列入各级建设计划的重点学科、研究机构按照建设计划、考核节点接受有关部门的检查和验收。

四、研究机构的管理

9．学科建设办公室按照有关规定，对所有学校和研究院的研究所、研究中心进行常态管理

1）学科建设办公室对学校和研究院所有研究所、研究中心纳入常态管理范畴。

2）各个研究所、研究中心应定期向学科建设办公室递交建设计划、建设进度报告，以及重大成果。

3）根据各个研究所、研究机构的情况，建立相应的档案管理制度。对于没有按照有关要求建立研究所、研究机构有关档案的机构，学科建设办公室按照有关要求进行必要的处理，并督促健全档案管理。

五、学科建设、研究机构建设经费的管理

10．根据国家和学校有关规定，学科建设办公室负责对学校和研究院的所有学科建设、研究机构建设经费进行管理，并适时按照要求，配合各级审计部门对经费进行审计检查。

1）学科建设办公室对各级各类学科建设、研究机构建设经费进行管理。

2）学科建设办公室每年配合学校财务部门做好年度经费的预算、专项经费的申请和编制。

3）学科建设办公室配合财务部门对各类经费按照项目预算进行监管，严格控制项目经费的不合理使用。

4）学科建设、研究机构建设经费向校外研究机构划拨，由学科建设办公室会同科技处根据有关规定进行审核，并决定是否予以划拨。用于科研的经费校内不同部门之间的划拨，有科技处根据实际情况和需求，进行审核并予以划拨。

5）学科建设办公室对于学校各个研究所、研究机构与其它研究院所、学校和企业间的合作，着重加强经费的管理，并确定经费的性质，杜绝有关违规经费的划拨和使用。

6）学科建设办公室负责对学科建设经费、研究机构建设经费购置仪器设备、办公用品、劳务费或其他非预算内开支进行审核和监督，对于擅自违反学校有关经费使用规定的负责人或研究团队学科建设办公室按照有关规定提出处理意见，由学校有关部门执行。

六、名师工程的管理

11．负责学校名师工程的建设，并与教务处、研究生院协调筹措有关建设经费。

12．负责名师工程建设的日常管理、阶段检查和考核。

七、学校学术交流的管理

13．负责学校有关学术讲座、学术会议和有关学术交流的组织。

八、接受学校或分管校长交办的其它任务。