上海中医药大学中医医史文献学科始建于上世纪50年代，具有扎实的研究基础和深厚的历史底蕴。20世纪90年代以来，我校中医各家学说、中国医学史、医古文、中医文献等专业经过有效整合，组建成新的中医医史文献学科，科研实力大大增强，科研水平明显提高，于2005年6月入选上海市第二期重点学科。中医医史文献学科跨越了中医学和文史学科两个领域，是我校的特色学科之一，并在国内同类学科中一直保持领先地位。本学科以医学史教研室、各家学说教研室、医古文教研室（包括中医文献信息室）为核心科室，以基础医学院、中医文献研究所、中医药博物馆、校图书馆为依托，并吸收了中医基础理论、内经、伤寒论、金匮要略等多个科室以及文献研究所的教研人员参加，使科研实力得到了进一步的提升。
本学科目前主要研究方向包括中医学术史研究、古医籍整理研究、古汉语――中医文献语言研究三个方向。在人才队伍、研究基础和手段、研究基地、科学研究引领教学成果等方面具有较大的优势。
中医学术史研究以全国著名中医学家裘沛然教授“中医各家学说”的研究成果为基础，在学科带头人严世芸教授的带领下，从医学史和历代医家纵横两方面对中医历史长河中重要的学术问题进行系统整理、研究、总结，从而揭示中医学术发展的内在规律。出版了百万字的学术专著《中医学术发展史》，主编全国教材《中医各家学说》、《中国医家学说及学术思想史》，奠定本研究方向在全国的领先地位。
古医籍整理研究方向具有一支由全国著名中医专家和中医文献专家研究队伍，多年来在经典医籍、临床文献、工具书编纂三个方面开展卓有成效的研究。出版了以《中国医籍大辞典》、《中国医籍通考》为代表的大型中医文献工具书，填补了该领域研究的空白。研究上又做到文献研究与临床紧密结合，围绕上海市常见疾病开展中医临床专科专病的文献研究，已经出版系列专辑，在全国名列前茅。目前的学术带头人为上海市名中医王庆其教授。
古汉语――中医文献语言研究方向主要凭借文字学、训诂学、文献学、历史学的方法，对中医古代文献进行释读、校注、提要等整理研究。从80年代就在全国占据了领先地位。本学科学术带头人、上海中医药大学图书馆馆长段逸山教授自1984年来担任历版《医古文》全国统编教材、规划教材主编，并多次获奖。段逸山教授、孙文钟教授分别担任中华中医药学会医古文分会主任委员和副主任委员。目前开展的中医药抄本和出土中医药文献的整理研究，填补了该领域的空白，在全国处于领先地位。
为了进一步加强学科建设，拓展研究领域，本学科特聘全国著名古文字古文献专家复旦大学裘锡圭教授、全国著名古代哲学中医哲学专家中国社科院刘长林研究员为学术顾问，使学术研究水平有了可靠保障。本学科点在全国较早运用计算机技术开展中医药文献整理研究，直接参与国家和上海市多项中医中药数据库及信息网站的建设。由我校主办、本学科点研究人员具体负责的《中医药文化》杂志是全国唯一的中医药文化学术期刊，是医史文献和中医药文化学术交流的平台，又是普及中医药知识与宣传中医药文化的园地。
目前学科组成人员共35人，具有博士学位11人，硕士学位15人，教授及研究员14人。2001年以来，本学科点共获得局级以上科研课题32项，发表学术论文300余篇，出版学术专著36部，获国家级奖1项，部市局级奖9项。
