上海中医药大学中医内科学学科于2001年被批准为教育部国家重点学科，由中医肝病、肿瘤、肾病、心血管和急症等近10个三级学科组成。
中医肝病学科于1995年确立为国家中医药管理局中医肝病重点研究室，1996年成立肝病研究所，2000年通过国家中医药管理局三级实验室验收，为上海市首批医学领先学科之一，连续3期的上海市教委重点学科建设部门。并于2002年确立为上海市临床医学中心（中医肝病）。中医肿瘤学科始建于60年代，从一个单纯的门诊逐步发展成为集医、教、研为一体，以中医为主，中西医结合，在国内具有一定知名度的学科，1996年被国家中医药管理局命名为全国中医肿瘤医疗中心并投入二期建设。中医肾病学科在70年代起即开展了对复发性及难治性肾病综合征和慢性肾功能衰竭的研究，开展了“人工肾”血液透析工作，现为国家中医药管理局重点学科。中医心血管学科于1994年成为上海市冠心病中西医结合医疗协作中心建设单位。中医急症为全国中医急诊重点建设单位，全国中医急诊医疗协作中心组长单位。
中医肝病学科20余年来立足中医理论，以临床疗效为基础，紧密结合现代病理、生化、免疫、细胞分子生物学技术的最新进展，通过辩证辩病结合，着重中医药抗肝纤维化、慢性乙肝、慢性丙肝的研究。已先后承担国家攻关项目、国家自然科学基金等国家级科研项目21项。特别是提出肝纤维化的病机基础是“虚、瘀”，率先提出并证实肝纤维化可以逆转，研制开发出抗肝纤维化国家中药新药“扶正化瘀胶囊”，并于2003年获得国家科技进步二等奖。中医肿瘤学科以中医药治疗肺癌、胃癌为主要特色，经长期努力，99年成功开发治疗肺癌的口服中成药―金复康口服液。中医肾病学科着重于肾功能衰竭的研究，多年来以活血化瘀，扶正降浊治法取得了系列研究成果。中医心血管学科多年来主要以充血性心力衰竭和冠心病心绞痛（胸痹）为主要研究目标，根据中医“久病及肾”和老年人肾虚多见的特点，提出了填补肾精治疗心力衰竭的研究思路，并取得系列成果。中医急症学科主要以中药救治厥脱、抗肺心病肺动脉高压为研究方向，提高了中医药在急症中的参与率和疗效。以上各主要研究方向均为在我国发病率高、在临床中有显著中医药治疗优势和特色的领域，因而具有良好的发展前景。
该重点学科现有教授、主任医师17名，副教授、副主任医师25名，具有博士学位21人 ，博士生导师15人，学科中30%的人员有国内外相关专业的进修或培训经历。学科系全国中医院校系统首批硕士点、博士点和博士后流动站之一，目前已培养博士研究生51名、硕士研究生54名、博士后8名。
